Metodologi merupakan salah satu bagian penting dalam suatu penelitian ilmiah (termasuk Skripsi). Dikatakan penting karena metode yang digunakan menentukan cara pengambilan dan pengolahan data penelitian, termasuk penggeneralisasian hasil yang merupakan simpulan penelitian. Hasil observasi awal menunjukkan bahwa metode penelitian Skripsi mahasiswa di Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UNS bervariasi, namun belum teridentifikasi sehingga belum diketahui arah kecenderungannya secara pasti. Sementara, informasi tentang kecenderungan metode penelitian serta faktor-faktor yang mempengaruhinya merupakan informasi penting dalam pengembangan kurikulum maupun dasar pengambilan kebijakan terkait upaya peningkatan mutu akademik di Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UNS. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui arah kecenderungan metode yang digunakanan oleh mahasiswa di Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UNS dan faktor-faktor yang mempengaruhinya. Obyek penelitian adalah Skripsi mahahiswa Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UNS Tahun Akademik 2011-2012. Data dijaring menggunakan teknik non-tes melalui interview, angket, dan dokumentasi, dan selanjutnya dianalisis secara deskriptif kualitatif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa: 1) Metode penelitian Skripsi mahasiswa di Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UNS bervariasi meliputi metode kualitatif (dalam bentuk penelitian tindakan kelas/PTK) dan metode kuantitatif (dalam bentuk kuasi eksperimen); 2) Ada beberapa faktor yang turut menentukan pemilihan metode penelitian diantaranya: dosen pembimbing Skripsi; kompetensi mahasiswa; dan pengaruh teman.