Pengayaan bahan pencemar organik di perairan dipertimbangkan sebagai salah satu faktor pemicu pertumbuhan fitoplankton, dimana input bahan organik dari aktifitas antropogenik di daratan akan memicu ledakan alga. Penelitian ini akan melihat pengaruh limbah organik yang masuk ke perairan Cilincing melalui Sungai Cakung terhadap kelimpahan fitoplankton, dan mencari hubungan antara rasio N/P terhadap dominasi fitoplankton spesies tertentu. Analisis deskriptif dan korelatif dilakukan terhadap data series selama 5 tahun (2006–2010) pada Sungai Cakung, Muara Cilincing dan di perairan Cilincing, yang kemudian dibandingkan dengan data pemantauan langsung pada Januari-Pebruari 2011. Hasil analisis memperlihatkan bahwa pencemar organik di Sungai Cakung sudah melewati baku mutu, terutama untuk parameter oksigen terlarut (Dissolved Oxygen, DO), kebutuhan oksigen biokimia (Biochemical Oxygen Demand, BOD) dan amonia. Di perairan Cilincing, parameter temperatur, pH dan salinitas masih dalam kisaran baku mutu yang ditetapkan untuk perairan budidaya. Kandungan organik bervariasi di bawah dan di atas baku mutu dengan kelimpahan fitoplankton yang tinggi, termasuk kategori blooming. Tidak ada korelasi antara Perubahan temperatur, pH dan salinitas terhadap kelimpahan fitoplakton, hal ini menunjukkan bahwa ketiga parameter tersebut bukan faktor utama dalam pertumbuhan fitoplankton. Rasio N/P berkisar dari 2–12,5/1, dengan rasio terbesar pada bulan Mei 2010, tetapi tidak ada data kelimpahan fitoplankton. Kelimpahan fitoplankton pada umumnya didominasi oleh diatom, dimana kelimpahan dinoflagelata berkisar dari 0,04-8,53% selama 5 tahun terakhir ini. Jika nilai rasio N/P turun, akan menyebabkan suksesi dari diatom ke dinoflagelata. Perlunya penguatan regulasi yang mengatur buangan pencemar organik yang masuk ke perairan, dan kegiatan monitoring lingkungan perairan sebagai tindakan pencegahan ledakan alga.