Senyawa lutein merupakan zat warna alam yang dikelompokkan sebagai karotenoid yang banyak ditemukan pada tanaman. Senyawa ini terkandung dalam bunga kenikir (Tagetes erecta L.), hasil ekstraksi bunga kenikir dapat memperoleh 700-900 gram pigmen per kg konsentrat yang mengandung 90-95% lutein dan 5-10% zeaxantin. Bunga kenikir sudah dikenal penduduk lokal sebagai tanaman obat yang berkhasiat terhadap berbagai penyakit. Warna bunganya bervariasi kuning, jingga, merah hati hingga hitam kecoklatan. Penelitian ini bertujuan membandingkan karakter lutein dari dua jenis bunga kenikir berwarna kuning dan jingga. Serbuk bunga kenikir (T. erecta L.) kering dimaserasi dengan n-heksan, kemudian dilakukan digesti menggunakan isopropanol dan disaponifikasi dengan larutan NaOH 50%. Ekstrak lutein dimurnikan dengan kromatografi kolom dan dilakukan Kromatografi lapis tipis. Hasil isolasi senyawa dibandingkan terhadap lutein baku pembanding berdasarkan jarak bercak Rf. Senyawa diidentifikasi dengan spektrofotometri cahaya tampak, kromatografi cair kinerja tinggi (KCKT) dan FTIR. Hasil menunjukkan bahwa Rf lutein dari bunga kenikir kuning dan jingga sama dengan Rf lutein baku pembanding yaitu 0,57 cm. Hasil KCKT menunjukkan bahwa lutein bunga kenikir kuning muncul pada waktu retensi 3,10 menit, bunga jingga 3,11 menit dan lutein baku pembanding 3,12 menit. Hasil karakterisasi gugus fungsi dengan spektrometer FTIR pada ekstrak lutein bunga kenikir kuning dan jingga terdapat gugus Alkenil, Alkil, Alkena Aromatik, dan hidroksil sesuai dengan lutein baku pembanding.