PT. Pelabuhan Indonesia II adalah Badan Usaha Pelabuhan yang telah mendapatkan izin/konsesi dari Otoritas Pelabuhan untuk menyelenggarakan pelayanan dan pengusahaan bongkar muat kapal di wilayah Pelabuhan Tanjung Priok. PT Pelabuhan Indonesia II memiliki wilayah operasi yang mencakup 10 provinsi dan mengelola 12 pelabuhan. Berdasarkan hasil penelitian yang dilakukan terkait peristiwa tingginya masa tunggu bongkar muat di Pelabuhan Tanjung Priok, PT. Pelabuhan Indonesia II bertanggung jawab atas kerugian yang timbul atas barang dalam proses bongkar muat barang dalam proses pre customs clearance, custom clearance, dan post custom clearance maupun meliputi stevedoring, carrgodoring, dan receiving/delivery atas kelalaian dan kesalahan yang apabila terbukti telah dilakukan selama itu masih dalam lingkup tanggung jawabnya sesuai dengan ketentuan pasal 12 Peraturan Kepala Kantor Otoritas Pelabuhan Utama Tanjung Priok Nomor: UK.112/2/10/OP.TPK.11 tentang Cara Pelayanan Kapal dan Bongkar Muat di Pelabuhan Tanjung Priok dan pasal 458 ayat (2) KUHD, yakni Perusahaan hanya bertanggung jawab atas kerugian yang timbul dari kesalahan dan kelalaian dalam menjalankan kewajibannya pada saat proses bongkar muat saja dan tidak bertanggung jawab terhadap kerugian yang timbul di luar dari proses bongkar muat atau kewajibannya.