Sungai Cijalu bersama dengan Sungai Cileumeuh dan Sungai Cikawing adalah sungai yang cukup besar di wilayah Kabupaten Cilacap bagian Barat. Sungai tersebut melintasi sebagian wilayah Kecamatan Majenang dan Kecamatan Cimanggu Kabupaten Cilacap. Sungai Cijalu dari hulu ke hilir melewati berbagi tipe habitat mulai dari daerah hutan pinus dan jati, pemukiman penduduk, dan areal pertanian. Kondisi tersebut memunculkan dugaan bahwa Sungai Cijalu dihuni oleh berbagai spesies ikan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan data mengenai diversitas ikan (checklist) di Sungai Cijalu Kabupaten Cilacap dan mengetahui karakter fisik-kimiawi perairan di Sungai Cijalu. Metode penelitian yang digunakan adalah survey dengan teknik pengambilan sampel clustered random sampling. Sungai dibagi menjadi tiga daerah yaitu hulu, tengah, dan hilir. Variabel yang diamalti meliputi jumlah jenis, jumlah individu tiap jenis dan parameter fisik dan kimiawi perairan. Selama penelitian ditemukan ikan sebanvak 19 spesies yang tercakup di dalarn 11 familia yaitu Anabantidae (1 spesies), Bagridae (4 spesies), Balitoridae (1 spesies), Belontiidae (1 spesies), Channidae (2 spesies), Cichlidae (1 spesies), Cyprinidae (6 spesies), Loricariidae (1 spesies), Osphronemidae (1 spesies), Poecilidae (1 spesies) dan Sisoridae (1 spesies). Di antara 11 familia tersebut, familia Cyprinidae memiliki jumlah sepesies paling banyak yaitu 6 spesies diikuti oleh familia Bagridae dan Channidae, dengan masing-masing memiliki empat dan dua species. Kedelapan familia lainnya masingmasing hanya memiliki satu spesies. Species yang cukup melimpah adalah Mystus gulio, Osteochilus vittatus, Puntius binottaus, Glyptothorax platypogon, Hyposarcus pardalis dan Nemacheilus fasciatus. H. Pardalis cukup melimpah di bagian tengah sungai. Kondisi fisikkimiawi perairan di Sungai Cijalu masing cukup baik untuk mendukung kehidupan ikan.